První pravé pokračování klasiky z roku 1988, Bionic Commando se vrací. Čas nebyl k Spenceru laskavý: pět let po poražení Imperialů byl zrazen vládou, které přísahal, a byl uvězněn za zločiny, které nespáchal a byl odsouzen k trestu smrti. V den Spencerovy popravy teroristé odpálí masívní experimentální zbraň v Ascension City, která rozpoutá intenzivní zemětřesení, které změní město v ruiny a vymaže celé obyvatelstvo. S územím v troskách a městskou vzdušnou obranou pod kontrolou masívní teroristickou silou, jejíž cíl zůstává nejasný, FSA má jen jednu volbu, zaútočit za linií. To je perfektní úkol pro Bionic Commando.